A história do Programa de Pós-Graduação em Ciências Sociais da UFBA remonta ao ano de 1968, quando foi criado o Mestrado em Ciências Humanas, cuja primeira dissertação foi defendida por Perseu Abramo em 1969. Este curso de pós-graduação pioneiro, um dos mais antigos do Brasil, evoluiu na década seguinte para o Mestrado em Sociologia e História, com áreas de concentração em História Social e Sociologia da Cultura. Em 1990, o curso foi desmembrado, dando origem ao Mestrado em História e ao Mestrado em Sociologia. Uma reestruturação importante ocorrida em meados de 1998 resultou na criação do PPGCS em sua formatação atual, que passou a oferecer cursos de Mestrado e Doutorado em Ciências Sociais.
Contudo, em 2007, o cenário acadêmico na UFBA mudou com a diversificação de sua pós-graduação e a criação de novos programas, como o Programa de Pós-Graduação em Antropologia (PPGA), o Programa de Pós-Graduação em Estudos Interdisciplinares sobre Mulheres, Gênero e Feminismo (PPGNEIM) e o Programa Multidisciplinar de Pós-Graduação em Estudos Étnicos e Africanos (Pós-AFRO). Esses novos programas, formados por docentes egressos do PPGCS, exigiram que o PPGCS passasse por uma readaptação significativa, redefinindo suas linhas de pesquisa e sua matriz curricular para lidar com a perda de parte de seu corpo docente e se reposicionar diante das novas demandas acadêmicas. Mesmo com esses desafios, o PPGCS optou por manter sua vocação transdisciplinar, reafirmando um legado que já ultrapassa cinco décadas.
Nos últimos anos, o PPGCS consolidou-se como uma referência no Nordeste e um dos programas mais destacados das ciências sociais no Brasil. Este reconhecimento foi alcançado por meio de um processo contínuo de reflexão e adaptação às novas demandas da área, bem como às dinâmicas institucionais nas quais o programa tem sido um agente protagonista. O PPGCS tem buscado renovar periodicamente seu corpo docente, ajustando temática e epistemologicamente suas linhas de pesquisa. de modo a refletir as investigações em curso e as novas tendências nas ciências sociais, além de manter sempre atualizada sua estrutura curricular para oferecer uma formação de excelência. Esse esforço constante de aprimoramento culminou na conquista da nota 5 na última avaliação da CAPES na área de Sociologia.