La historia del PPGCS remonta al año de 1968, cuando se creó el Programa de Maestría en Ciencias Humanas. Perseu Abramo defendió ahí la primera tesis en el año de 1969. Este programa de posgrado pionero, uno de los más antiguos de Brasil, evolucionó en la década siguiente al Programa de Maestría en Sociología e Historia, con áreas de concentración en Historia Social y Sociología de la Cultura. En 1990, el programa se dividió, dando origen al Programa de Maestría en Historia y al Programa de Maestría en Sociología. Una importante reestructuración a mediados de 1998 resultó en la creación del PPGCS en su formato actual, que comenzó a ofrecer cursos de Maestría y Doctorado en Ciencias Sociales. Sin embargo, en 2007, el escenario académico en la UFBA cambió con la diversificación de sus programas de posgrado, resultando en la creación de nuevos programas, como el Programa de Posgrado en Antropología (PPGA), el Programa de Posgrado en Estudios Interdisciplinarios sobre Mujeres, Género y Feminismo (PPGNEIM) y el Programa de Posgrado Multidisciplinario en Estudios Étnicos y Africanos (Pós - AFRO). Estos nuevos programas, formados por docentes provenientes del PPGCS, exigieron al PPGCS un cambio significativo, redefiniendo sus ejes de investigación y su catálogo curricular para enfrentar la pérdida de parte de su cuerpo docente y reposicionarse frente a las nuevas demandas académicas. A pesar de estos desafíos, el PPGCS optó por mantener su vocación transdisciplinaria, reafirmando un legado que se extiende por más de cinco décadas.
En los últimos años, el PPGCS se ha consolidado como un referente en el Nordeste y uno de los programas más destacados en ciencias sociales en Brasil. Este reconocimiento se logró mediante un proceso continuo de reflexión y adaptación a las nuevas demandas de su área, así como a la dinámica institucional en la que el programa ha sido un agente indispensable. El PPGCS ha buscado renovar periódicamente su profesorado, ajustando temática y epistemológicamente sus ejes de investigación para reflejar la investigación en curso y las nuevas preguntas en las ciencias sociales, además de mantener siempre actualizada su estructura curricular para ofrecer una formación de excelencia. Este esfuerzo constante de mejora culminó con la obtención de una puntuación de 5 en la última evaluación CAPES anual en el área de Sociología.
Actualmente, el Programa ofrece cursos de Maestría y Doctorado, organizados en torno a seis ejes de investigación: (1) Teorías Sociales e Historia de las Ideas; (2) Crimen, Punición y Derechos Humanos; (3) Espacio, Política y Ciudadanía; (4) Existencias, Conocimientos y Medio Ambiente; (5) Cultura, Arte y Sociabilidades Digitales; y (6) Trabajo y Desigualdades Sociales. A través de sus ejes y los grupos de investigación asociados a ellos, el PPGCS se ha destacado por su amplia presencia nacional, manteniendo conexiones estratégicas con redes de investigadores de diferentes regiones del país, al tiempo que amplía su presencia internacional cada año a través de la cooperación con instituciones del Norte y del Sur Global. Su cuerpo docente está formado por destacados profesionales en el campo de las ciencias sociales, muchos de los cuales son reconocidos como líderes académicos en sus respectivos campos de investigación y acción social.